Pendirian “Insitutum Theologicum Ioannis Mariae Vianney Surabayanum” (IMAVI) tidak bisa dilepaskan dari peran Msgr Vincentius Sutikno Wicaksono yang memiliki harapan bahwa pendidikan calon imam untuk Keuskupan Surabaya dilaksanakan di Keuskupan Surabaya. Harapan ini pun terkabul ketika tahun 2008 Bapak Uskup menghendaki untuk diselenggarakan pembinaan masa Tahun Rohani di Jatijejer Trawas, Mojokerto. Tentu saja, konsekuensi dimulainya pendidikan imam di Keuskupan Surabaya ini berdampak pada tempat Formasio Intelektual para calon imam. Oleh sebab itu, pada tahun 2009  pendidikan filsafat para calon Imam dilangsungkan di Fakultas Filsafat Universitas Widya Mandala.

Setelah itu, sebagai calon imam yang membutuhkan studi teologi, Keuskupan Surabaya perlu pula menyiapkan suatu lembaga untuk memenuhi formasi teologi para calon imam. Tepatnya, Tahun Akademik 2011/2012 ketika sejumlah frater yang telah menyelesaikan S-1 di Sekolah Tinggi Filsafat Teologi (STFT) Widya Sasana berpindah untuk menempati Seminari yang baru di kota Surabaya, maka Seminari mendirikan Program Studi Teologi yang diselenggarakan di Balai Paroki Santa Maria tak Bercela, Ngagel, Surabaya sejak 1 Agustus 2011. Sejak pertengahan Oktober 2011, perkulihan diadakan di Gedung baru Seminari Tinggi Providentia Dei di Pakuwon city. Fakultas Filsafat yang semula diselenggarakan di jalan Dinoyo 42 sejak Januari 2012 juga diselenggarakan di Seminari.

Pada tahun berikutnya, yaitu Tahun Akademik 2012-2013, 3 jenjang pembinaan secara lengkap telah dapat diselenggarakan. Masing-masing yaitu Teologan I, terdiri dari 4 frater dan 2 mantan frater, yang sedang menyelesaikan tahun ke 4 program S-1 Fakultas Filsafat Widya Mandala konsentrasi Filsafat Kristiani; Teologan II, terdiri dari 1 frater lulusan S-1 STFT Malang tahun 2012 pindahan dari Seminari Tinggi Santo Giovanni XXIII dan 1 frater angkatan sebelumnya (Teologan II Tahun Akademik 2011-2012) yang harus mengulang di Teologan II; Teologan III, terdiri dari 8 frater yang tahun sebelumnya berada di Teologan II.

Pada 2 tahun pertama (2011-2013), Prodi dibantu oleh Rm. V. Indra Sanjaya Tanureja dari Seminari Tinggi Kentungan, Yogyakarta, yang mengajar Kitab Suci. Sejak Tahun 2013-2014 semua dosen pengajar berasal dari Surabaya, sebagian besar imam diosesan Keuskupan Surabaya.

Pada tahun 2017 ketika Rapat Kerja Dosen di Wisma Shallom Batu, disepakati bahwa Prodi Teologi perlu meningkatkan formasio intelektual di bidang teologi, sehingga prodi teologi kemudian diupayakan pendirian suatu Institut Teologi. Tepat pada tanggal 4 Agustus 2018, Institutum Theologicum Ioannis Mariae Vianney Surabayanum (IMAVI) didirikan dengan Dekret No. 358/G.113/VIII/2018, dan diresmikan pada tanggal 9 Agustus 2018 oleh Bapak Uskup Keuskupan Surabaya di Seminari Tinggi Providentia Dei, Pakuwon City, Surabaya.